月齢が低い子の細菌感染について。大きな病気が隠れている可能性はあるか。

乳幼児/男性 - 2024/05/14

生後3ヶ月になりたての子供がいます。
先日38℃の熱を出し、元気がなく飲みも悪かったため病院にかかりました。
熱を出す少し前から鼻水症状があったため、耳鼻科と小児科を受診。
耳鼻科→鼻風邪と外耳炎と診断あり
小児科→月齢が低い状態の発熱だったため大きい病院を紹介されその日に受診→採血・尿検査ともに全て異常なしで帰ってきました。

その日の夜に子供の耳が膿んでおり耳垂れしている事に気づき、翌日改めて耳鼻科を受診したところ中耳炎と診断されました。
耳鼻科の先生から「生後3ヶ月の子がこのように黄色い鼻水が出たり、中耳炎（細菌感染）になるのは珍しい」と言われました。
このくらいの月齢の低い子は母親からの免疫があり風邪をひかないイメージです。
免疫不全？など、可能性として考えられる大きい病気はありますでしょうか。

生まれてから色々あった子で、生まれつき片方の腎臓が機能しておらず、
出生後に黄疸が長引き胆汁鬱滞の症状があり検査入院→胆道閉鎖症は否定され、現在シトリン欠損症の可能性ありとして遺伝子検査の結果待ちです。
色々あったので他にも何かあるのではないかと思ってしまいます。

上記の経緯から今まで何度も血液検査や尿検査をしていますが、その際に免疫不全のような話はされていません。
免疫関連に何か疑いがあれば検査の過程ですぐに分かっているものでしょうか。