不正出血でピルを服用中です

30代/女性 - 2013/01/03

９月にアフターピルを服用し、恐らく排卵後だった為、通常の生理予定日頃に出血がありました。
その後、30日周期くらいで12月まで生理があったのですが、その12月の生理（９日～14日）の後、27日から不正出血がありました。量は通常の生理より若干名少な目、鮮血です。
心配になり婦人科を受診したところ、左の卵巣が腫れてるとの事でした。排卵が出来てなかったかも知れない、２週間ピル（ソフィア）を服用して生理が来た後また検査します、と言われました。
今、ピルを飲みだして５日目てますが、まだ出血が止まりません。量は減っていますが少し黒ずんだ血液が少量出ています。
アフターピルを飲んでかから今まで正常だった基礎体温がめちゃくちゃになっていて、それが原因なのでしょうか？
また、ピルを飲んでいても出血が止まらないのは、問題ないのでしょうか？
このまま基礎体温やホルモンバランスが戻らないのではないかと不安です。
昔、下垂体腫瘍（プロラクチン）で手術を受けたため、それも関係あるのてましょうか。（腫瘍は摘出し、術後特に問題はありません）
長くなってしまいましたが、回答宜しくお願いします。