不妊症に繋がる病気でしょうか

20代/女性 - 2016/12/20

最近基礎体温をつけ始めたのですが、高温期に体温が下がってしまいます。現在婚約中で来年入籍予定の為、不妊症に繋がる病気ではないかと不安です。
通常は月経が６〜７日ですが、前回の月経は８日間ありました。月経６日目に出血がなくなったため性行為をしたのですが、７日目に鮮血、８日目に月経２日目のような経血量がありました。いままで月経期間が長くなった事がない為、基礎体温をつけ始めました。
月経１１日目から１３日目は36.71〜36.74
月経１４日目は36.62
月経１５日目から１８日目は37.14〜37.33
月経１９日目から２６日目は36.70〜36.89
月経１９日目から下がってしまいました。
生理周期は25〜27日です。基礎体温以外の気になる症状ですが、生理前は頭痛と吐き気、腰痛、腹痛がある場合とない場合があります。生理中は１日目と２日目の頭痛と腹痛が辛い為、市販の鎮痛剤を服用していますが、飲むと痛みが治ります。生理が終わって一週間前後で下腹部痛がある場合とない場合があります。
高温期に体温が下がるとネットで調べると、黄体機能不全など出てくる為、不安になってしまいます。
なにか病気の可能性はありますか？
また基礎体温の測り方ですが、私は就寝して４時間程で必ずトイレに起きてしまいます。それから目覚ましがなるまで２時間程あるのでまた寝るのですが、体温を測るのはトイレに行く前と起床時刻のどちらが良いのでしょうか？
(いまはトイレで目が覚めた時に測るようにしています。)

ご回答の程宜しくお願い申し上げます。