ピロリ菌の除菌

37歳男性です。
胃カメラで胃潰瘍と診断され、ピロリ菌も見つかりました。
胃潰瘍が見つかってからオメプラゾールを1ヶ月、生検検査でピロリ菌が見つかってから(胃カメラ後2週間)アモキシシリンとクラリスロマイシンを1週間分処方されました。
ただし、除菌に失敗した場合、胃の中のピロリ菌が耐性菌に変化してしまうと聞き、心配になりました。
既にアモキシシリンとクラリスロマイシンにより除菌開始後3日目になりましたが、除菌中に気をつけるべき事項がありましたらお教え願います。
また、胃カメラを飲むまで(健康診断で飲みました)は、何の自覚症状もなかったのですが、胃潰瘍と診断されてからみぞおちのあたりに軽い違和感を覚えるようになりました。こんなことってよくあるのでしょうか?

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