傷病手当について

40代/女性 - 2011/06/11

5月17日左急性感音難聴と診断され、27日までの自宅療養と言われ、会社は休みました。
27日の検査で、症状が良くなってないということで、6月9日まで自宅療養は延期され、その期間も会社は休んでいました。
6月9日の検査でも、やはり改善は見られず、さらに21日までの自宅療養をしたほうがいいと言われました。
派遣の担当者には、6月9日以降も自宅療養が延びるようであれば、6月いっぱいで派遣の更新はない可能性もあると言われました。
そこで質問ですが、5月分の給料は、3日間の有給を使い、5日間は欠勤という形で納得しましたが
6月は、1日無理をして出ただけで、結局症状が悪くなり休まなければならない状態になってしまい
この状態では、とても仕事を続けていけるとは思えませんし、
もし6月いっぱいで辞める場合は
今のうち、傷病手当の申請書をもらってたほうがいいのですか?
それとも、21日の診断を待ってからのほうがいいのでしょうか?
ちなみに有給はあと5日しか残ってなくて、他は欠勤扱いになります。
また自分の休みの日は、もらえる日数には入らないのですか?

長くなってしまいましたが、よろしくお願いいたします。