咳について

40代/女性 - 2011/07/04

5月末から、咳が続いて、内科で咳止めをもらいましたが全く効きませんでした。その後、4回総合病院の内科を受診しましたが、二週間以上経っても咳は止まりませんでした。特に夜中咳でむせて目が覚め、トイレに駆け込んで吐くので、熟睡できません。声もかれて話しにくい為、会社も休んでいます。6月23日に呼吸器の先生に診察して頂いたところ百日咳菌の感染による気管支炎と診断され、診断書も書いていただきました。8から12週間は自宅療養が必要とのことでした。
今はだいぶ咳も止まり眠れるようになりましたが、2ケ月以上も会社を休まないといけないのでしょうか?
あと、三日以上休むと4日目から傷病手当ての申請ができるらしいのですが、医師の診断書を社会保険事務所に持って行けばいいのですか?
アドバイスの程、よろしくお願いいたします。