40度以上の熱が続く場合の対処法

10歳未満/女性 - 2012/12/26

1歳8ケ月の娘が40度以上の熱を出して4日経過しています。
熱以外の症状は、鼻水・鼻づまり・大量の目やにです。
食欲は普段の半分程度あり、水分もこまめにとれています。

初日に41度を超えたとき救急病院に行き鼻水止めと座薬を貰い使用しました。
翌日38.6度まで下がったのですが夜にまた40.2度まであがりました。
発熱後4日目にインフルエンザを疑い近くの病院で診察しましたが陰性で風邪だと言われました。
その際、鼻水止めと抗生物質と座薬を貰い、座薬以外を使用したのですが、また夜に41度を越えたので座薬を使用しました。
そして今に至ります。

長々とすみませんが、お聞きしたいのは以下の2点です。
1.これ以上40度以上の熱が続けば風邪以外の病気を疑うべきですか?あと何日くらい続けば再診したほうが良いのでしょうか?
2.熱の下げ方です。よく手足が熱くなったら薄着にさせて体を冷やすと聞きますが程度がわかりません。我が家は住んでる土地や築年数の関係で、暖房を付けても室内が11度くらいしかないです。そんな部屋に例えば布団もかけずに寝かせるとかでも解熱に効果はあるのでしょうか?逆に悪化しないか心配で程度がわかりません。

無知な母親でお恥ずかしいです。
お忙しいとは思いますがご教授の程をよろしくお願いいたします。