発熱とその後の症状についてです。

乳幼児/男性 - 2013/01/06

3歳の男の子です。
2日昼から4日夕方頃まで、39℃～40℃の熱と身体の痛みが続きました。3日昼に病院へかかり、インフルエンザではではなく、抗生剤と座薬で様子をみていました。発熱中はぐったりして、起き上がれず、身体が痛いと泣いていましたが、解熱後は遊べる程元気になったため、再度病院へはかかっていません。
ですが、4日から二晩程、就寝時約1時間おきに目を覚ましては、意味のわからない事を叫び暴れ、また寝ては叫びを繰り返しています。
今まで寝ぐずりや夜泣き等ほとんどなかった為、熱の影響で脳がどうかなってしまったのでは?と心配をしています。就寝時だけなので、もう少し様子をみてもよいか、緊急性があるものなのか全く判断がつかず困っています。
ご意見お聞かせいただけると幸いです。よろしくお願いいたします。