マイコプラズマは否定的なのにミノマイシン処方

40代/女性 - 2013/07/19

２歳9ヶ月の男の子です。
7月14日の朝38度、一日中発熱。他に症状はなく、保育園で手足口病が流行っているため疑ったが発疹や食欲減退は見られませんでした。翌日(7月15日)は熱は下がりましたが少し鼻水や咳が出始め、風邪？と思っていてら夜中40度の発熱。しかし翌朝には36度9分に下がり昼間も37度前半、食欲旺盛、元気いっぱいでした。一応受診しましたが、手足口病の症状はなく、風邪との診断。アスベリン散、セキナリン、ムコダインを処方されました。
が、その後も毎日夜中になると発熱(39度前後)、朝には37度前後に下がるを繰り返しています。鼻水、咳も酷くなってきたのとマイコプラズマではとの不安から再度受診したところ「マイコプラズマは流行っていないため否定的、でもマイコにも効くミノマイシンを処方します」とのことでした。
一度内服した後、ネットでミノマイシンの副作用や幼児にはできるだけ使わない薬と知り、心配になりました。
質問は、マイコプラズマの可能性は本当に低いですか？可能性が低いとしたら副作用を考慮してもミノマイシンを飲み続けるべきでしょうか？
よろしくお願いします。