１日１回の下痢。抗生物質やめるべき？

乳幼児/男性 - 2013/12/01

９ヶ月の息子の鼻風邪がなかなか回復せず、２週間になります。二日前の午前中に耳鼻科を受診したところ、長引いてるので抗生物質を出していただきました。
ひどい下痢をするようなら抗生物質だけやめるよう、言われました。その抗生物質には整腸剤も混ぜていただいてます。

耳鼻科を受診する前日、いつもよりゆるい便が１回出たのですが、離乳食２回のうち１回休んで母乳に変えたからかな？と思ってました。

受診当日の夜、下痢便１回。酸っぱいにおい。本人は鼻風邪以外は元気でいつも通り。
受診翌日、抗生物質を飲ませましたが、排便なし。
受診翌々日の今日、抗生物質を飲ませました。お昼頃、多めの下痢便を１回。酸っぱいにおい。その後は排便はなく、本人は相変わらず鼻水、咳以外は元気です。

上記のような感じでの排便ですが、続けて抗生物質を飲ませていいでしょうか。
受診前日のゆるい便は、もしかしたらおなかに菌がいってしまったというサインだったのでしょうか。