薬を飲み風邪症状が治まってきたのに発熱。

乳幼児/男性 - 2014/06/27

５月で１歳になった息子ですが、１ヶ月以上咳が続いています。かかりつけにかかり、途中薬も変えて内服し、それでも朝の起き抜けの咳が続き違う小児科に行きレントゲンも撮ってもらいましたが特に異常はなく、同じ系統の薬を処方してもらいました。しかし、薬を飲みきった後も朝の咳が続いており私の仕事上かかりつけは職場から遠いため、再度職場から近い別な小児科にかかり薬を処方してもらいました。内服を開始してから朝の咳が減ったと思っていたところ、内服開始してから昨日３日目に38.9℃の発熱。今日に至っては朝には37.3℃→午後から39.5℃まで上がりました。特に目立った風邪症状はありません。
最後に内服を処方してもらった病院に電話をしたら、今日は休診で行けませんでした。少し機嫌が悪いこともありますが、ヒドくはなく、食欲はいつもより落ちていますが少しは食べています。オシッコも出ています。
突発性発疹も一度かかりました。
夜間救急病院にかかるべきでしょうか？風邪症状は治まって来たのに熱がでたことが心配です。薬を長く飲んでいることで何か体に影響しているのでしょうか？抗生剤に耐性が出来たのかと心配です。

分かりにくい文章で申し訳ありません。よろしくお願いします。