腸に菌が入ってるのでしょうか？

40代/男性 - 2014/10/26

昨日のお昼すぎから腸がゴロゴロなってオナラが何度も出ました(とても臭いがきつかったです)。下痢ではないですが、便もふだんは１日１回ですが、昨日はお昼から夜にかけて5回ほどしてます。今日の朝も朝食後、腸がゴロゴロなって便が出るのですが、お腹がすっきりしません。今日も2回便が出ましたが下痢ではないです。
体もだるくて頭痛もして関節(腰が悪いので腰が痛い)が痛いので病院に行ったのですが、熱はなく風邪の菌が腸に入ったと言われて下痢止めと整腸剤と抗生物質が処方されました。
病院で下痢止めを出されましたが腸に菌が入ってるのなら下痢止めは飲まずに菌を出した方がいいと聞いたことがあるのですが、飲んでもいいのでしょうか？
また、便の回数が多いけど下痢はしてないのですが、下痢のしない腸炎とかあるのですか？違う病気ではないかと心配です。