後遺症診断について

40代/男性 - 2015/02/07

一昨年６月に通勤時に駅の階段から転落し左足アキレス腱を完全断裂しました。
手術を受けギブス固定８週間した後、リハビリを行っていましたがなかなか思うように歩くことができずにいました。足首の可動域が狭いため歩くのが困難（杖使用）でかがむことも困難な状況で、昨年６月に医師の方から後遺症診断（労災）を書くのでリハビリも終了とのことでした。
労災から後遺症認定１２級の７号（下肢の変形）との判定が出ました。
なので医師に市町村の障害認定の診断書の記載をお願いしたところ書けない
（認定されない）との回答でした。
私の左足の指は生まれつき親指と小指以外は第一関節ぐらいまでしか指の形を成していないため余計に歩行困難になるのですが認定されないものなんでしょうか？
また役所に聞くと医師は患者から言われれば書く義務があると聞きました。他の病院で記載していただけないかと相談したところ主治医はなぜ書かないのかわからないといわれました。その時も本来書かなければならないと聞きましたがどうなんでしょうか？
私自身記載いただいて認定されなければそれで納得できるのですが。