10日から熱が下がりません。坐薬は使うべきか？

10歳未満/男性 - 2015/04/13

10日の夜中3時頃に息子(2歳11ヶ月)が発熱(38.2度)して以来、未だ熱が下がりません。
日中は37.6度まで下がり元気で食欲もありましたが、その日の夜に39.9度まで上がり翌朝かかりつけへ受診。

溶連菌かも？との事で薬を服用させ様子を見てましたが39度〜40.3度をウロウロ。
水分はなんとかとれてますが、食欲なく、咳もかなり酷くなってきた為、今朝また受診。

喉に出来物があるということで、溶連菌ではなくヘルパンギーナの可能性とのこと。
抗生物質の種類とシロップの濃度を変更して、再び様子見てますが、少しの間38.6度まで熱は下がりましたが現在また40度になりました。

坐薬は一日に一回、咳であまり寝れず辛そうだったので、40度を超えた時に今までに2回使用しましたが、いずれも効きがあまりよくありませんでした。

熱が下がらず咳も止まらないようであれば、明後日また来てと言われてますが、このまま様子を見ていて大丈夫でしょうか？
また、坐薬は使った方がいいですか？