寝起きの手足の痛さと生理

20代/女性 - 2015/08/06

ここ1週間程前からまず朝起き上がることがだるくなり、起きてから歩くと足裏が痛く手も浮腫なのか痛いです。
その症状はしばらくすると治ります。(日中も多少は痛みます )
日中もある症状としてはひざが痛い、首が痛いです。

最終生理が6月22日。
7月5日に性行為をしたのが最後でその3週間後に検査しましたが極薄陽性で化学流産だろうと、その後は検査していません。
そして生理もまだきていません。

2人の子供がいるので妊娠前はこんなかんじというのは理解しています。

そして体の痛みの他にも体温が高い(基礎体温は測ってない)体がだるい、やたらイライラするなど妊娠にも似たような症状がありますが性行為から3週間で極薄陽性なので見込みはないのかなと。

性行為から3週間で極薄陽性でもその先妊娠となる場合もあるのでしょうか？

この寝起きの手足の痛み、生理がこないことはなにか関係があるのか、それとも他の病気が考えられるのか教えてください。