ピロリ菌除菌後の薬（偽陰性になりませんか？）

20代/女性 - 2015/08/24

過食、偏食による、急性胃炎のような症状から、ミヤMB、プリンペラン、アシノンを２週間飲み、胃カメラの結果、慢性胃炎のピロリ菌除菌陽性で、ピロリ菌除菌をしました。
除菌中はランサップ800、ミヤMBとプリンペランも(アシノン以外)毎食後飲んでいました。ランサップを飲みきった後、以前の3種類を飲むように言われ、飲んでいると2日後に喉の違和感、4日後に蕁麻疹が現れ、蕁麻疹から4日後病院に行くと、薬疹と判断され、今までの3つの薬をやめ、 ラフチジン錠10mg朝のみを35日分（ピロリ菌除菌後の検査までの間）と、タリオン錠10mg朝晩１週間分が処方されました。タリオンは蕁麻疹が無くなればやめて良いとのことで、昨日23日の日曜日の朝で辞めておきました。
次のピロリ菌検査が9月19日なのですが、お聞きしたいのは、再検査で偽陰性にならないかということで、ラフチジンは胃酸を抑える薬ですが、再検査の前日まで処方されています。
もし、微量のピロリ菌が残っていたとして、ラフチジンを飲み続けることでピロリ菌の増殖が抑えられ、偽陰性にならないかが気にかかっています。大丈夫なのでしょうか？
普通は薬をやめて1ヶ月以上たってから検査なんじゃないですか？

あと、タイトルとは関係ないですが、慢性胃炎は、慢性胃炎とどうやってわかるものなのですか？
今通っている消化器内科さんは詳しい説明がなく、胃カメラ見た時は１箇所荒れているところがあっただけで、あとは特に腫瘍も何もないと言っていたのに、なぜ慢性胃炎となったのかが謎です。良ければご教授ください。