下痢と湿疹(アトピー)とアレルギーについて

person乳幼児/女性 -

現在6ヶ月の娘を育てています。
5ヶ月の頃からずっと下痢が続いており(一時は血便がでました)
血便が出た際に検便をしたら、病原菌01が検出され、現在まで何度か検便をしていますが消えておりません。
小児科の先生は常在菌になってしまっているかもしれないので、
抗生剤など使っても排除しきれないかもしれないし、
今ある良い菌まで排除してしまって腸内環境が崩れるかもしれないので
整腸剤(ビオフェルミン)だけで頑張りましょうとのことでした。
離乳食もおかゆ・野菜くらいであればそのまま続けていいですとのことだったのですが
腸内環境が荒れているとアトピーがひどくなる等をネットで見かけました。
現在娘は生後1ヶ月からステロイドを使いながら湿疹を治療しています。(今のところは乳児湿疹といわれています、一才までには良くなると言われました)
このまま腸内環境が良くならずにアトピーになってしまうことはありますか?
また下痢のまま離乳食を進めてアレルギーになってしまうことはないのでしょうか?
体重は7700gで、完全母乳です。下痢になってから体重減少はありません。

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