日本脳炎の予防接種について(1回目と2回目の間隔)

4歳4ヶ月の長男です。
第1回目の接種を6/18にして、2回目を6/25に接種する予定でしたが
行くのを忘れてしまい、6/18の第1回目だけしか接種できませんでした。

そして、小児科に接種し忘れた6/25当日電話したのですが「無断キャンセルだったので
ワクチンは他の人に譲ってしまってもうない」と言われ、それからは「ワクチンがない」との事で接種出来ずにいました。

あまりに間隔があいてしまったので「他の医療機関で・・」と言われ違う小児科に問い合わせたら「ワクチンがある」との事で8/6に第2回目の日本脳炎の予防接種を受けるハズでした。

8/6に小児科に行くと小児科医に「間隔が開きすぎてるので、最初の1回目は無かった事にしてワクチンが確実にある9月に2回接種しなおした方が良い。その際1回は無料だが2回目は5000円かかる」と言われ、接種出来ずに帰宅しました。

そして今日8/7に、第1回目の接種を受けた小児科に別の用事で行った際に「昨日こう言われた」と上記の説明をしたところ「それはおかしい!明日にでも電話確認してスグに接種するように」と言われました。

質問ですが
1.仮に明日接種したとして、間隔が開きすぎ(8週間)だが効果はあるのか?
2.明日の接種はなく、9月に改めて2回接種した場合、3ヶ月の間に3回も接種する事になるが、体に影響はないのか?

ちなみに最初の小児科で話してくれたのは看護士さんで、2つ目の小児科は直接お医者さんとお話しています。
その看護師さんは「市の医療健康課にも問い合わせたので間違いはないから早く接種するように」と言っていました。
そして「5000円もかける必要はない」と金銭的な面を気にしてくれたましたが、私としては金銭的な面よりも、子供の体にとって1番良い方法を選びたいと思っています。

どうしたら良いのか教えて頂けますでしょうか?
宜しくお願い致します。

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