溶連菌やアデノウィルスの検査方法について

10歳未満/男性 - 2017/07/31

3歳、男児、溶連菌やアデノウィルスの検査についてご質問です。
5日前より突然38度台後半の発熱があり、それに伴い声枯れやケンケンした咳もあったため、クループの診断でデカドロンを1回内服しました。
その後解熱し咳もなく元気に1日過ごした翌日、また38度の熱とゼーゼーした呼吸になったため受診すると、ステロイド1回で奏功していないので割と重いクループかもということで入院加療になりました。
入院時、ウィルスの検査をしますと言って医師が綿棒2本を、本当にただ口の入り口にサッといれただけの検査をして、溶連菌やアデノウィルスではないと言われました。
入院してからはソルデムの点滴を持続、1回だけ側管からデカドロンの注射を入れ、その後1日はとても元気に過ごしました。吸入もしているので、咳やゼーゼーはすっかり改善したのですが、デカドロン注射後１日経過した今朝方、また38度台の熱です。熱以外、少し喉が赤いだけで他の症状は特にありません。
長くなりわかりにくい文章で申し訳ないのですが、お聞きしたいのは、綿棒でのウイルス検査というのは、そんな口の入り口にサッと突っ込んだだけで、正確な結果が出るものなのでしょうか？
以前アデノウィルスの検査を耳鼻科でした時は、かなり鼻の奥の方まで綿棒を入れてやっていました。
医師に聞いても、溶連菌の特徴的な症状もないし、そのやり方で十分結果は得られるとの答えでした。
私としては、ステロイドが切れると熱がぶり返していることがとても心配です。なにか他の病気があるのでは？と。
溶連菌などの検査、口の入り口をサッと綿棒でなぜるだけでわかるものなのか、教えてください。よろしくお願いします。