抗生剤の副作用、耐菌性について

person乳幼児/男性 -

1歳1ヵ月男の子、RSウイルスの為、6日間発熱してました。
毎日病院に行き、レントゲンも2回ほど撮ったりしました。採血もして細菌性ではないということで抗生剤の処方はありませんでした。
それでも40度ごえが6日間続き、本人もしんどそうだったので、6日目に救急を受診したところ、肺炎になりかけそう?とのことで抗生剤のクラバモックスを処方されました。
その後熱も下がりましたが、抗生剤の影響で下痢が続いてます。
クラバモックスは1日2回で3日分(6回)飲みました。
昨日病院で抗生剤が必要だったかビミョーなところだが、3日で終わるのもとのことであと2日分追加されました。

ただ下痢があるのと、副作用の大腸炎の可能性という項目が気になって、やめたいと思ってしまいます。
耐菌性とは何日間飲ませればいいのでしょうか?
3日でやめてしまうのは早いでしょうか?

ちなみに昨日1回目の午前中に飲ませて、2回目夜は寝てしまった為、飲んでいません。
これからでもあと4回分飲ませた方がいいでしょうか?

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