処方された抗生剤は飲みきるべきでしょうか。

乳幼児/女性 - 2018/04/28

11ヶ月の娘ですが、保育園に行き始めて一週間前から鼻水と咳の症状があり、熱が短時間だけ39度まであがり病院に行ったところ、鼻と咳のシロップをもらいました。
しばらく鼻水と咳は続きましたが熱がなかったので保育園に行かせていたら、3日後にまた熱が38.5度〜39.7度まであがりました。
今度は熱が2日続き元気もなかったので病院に行ったところ、二次感染を予防するためと抗生剤5日分と最初と同じシロップをもらいました。
抗生剤を飲み始めて熱はすぐ下がったのですが、ひどい水下痢になり、また体に発疹ができました。
鼻水と咳は未だに続いています。
以前も抗生剤でひどい下痢になったので下痢の原因は抗生剤かと思います。
熱も下がり本人は元気なので突発性発疹かと思い、抗生剤をやめたいと思ったのですが、病院が今日明日休みのため聞くことができません。
今は抗生剤を飲んで2日目ですが、耐性菌などの問題もあるので5日分飲み切った方がいいのでしょうか？
5日も飲まなくても3日でやめたらよくないでしょうか？
アドバイスいただけると助かります。