赤ちゃんの長引く下痢に下痢止めは飲ませてよいか？

乳幼児/男性 - 2018/07/13

8か月男児です。
一週間前から下痢で、1日10回前後出ています。ほとんどは水下痢で、食べたり飲んだりしたらすぐ出るといった状態です。
下痢になる少し前に、冷凍庫の奥から出てきた冷凍鶏ムネ肉のミンチを使って離乳食を作ってしまい、加熱は十分したつもりだったのですが、それがいけなかったかなぁと思っています。
3日前に小児科にかかり整腸剤を希望したのですが、下痢止めも混ざったものが処方されました。下痢は体内の悪いものを出すためでむやみに止めてはいけないと聞いたことがあったので飲ませるのをためらっていましたがあまりに続きお尻のかぶれもひどいので今日の昼から飲ませています。
しかしやはり心配です。
鶏肉に繁殖していたなんらかの菌やウイルスが原因として、もう一週間もたつのでお腹の中にはもう菌はいないのでしょうか？一度下痢をして敏感になっていていつまでも治らないのでしょうか？
それともまだ菌やウイルスはお腹にいるなら、止めないほうがよいのでしょうか？
ご教授の程よろしくお願いいたします。