息をすると喉の凹みの原因。咳は感染症のせい？

乳幼児/男性 - 2020/05/16

生後3ヶ月の息子の事です。
生後2週間くらいの時に呼吸をすると喉が凹むことに気付きました。その後かかりつけで、CT、エコーを行い、腫瘍や、血管の問題では無さそうとわかりました。喉頭軟化症の疑いと言われて、大学病院へ。
4月頭からたんの絡んだ咳がでだし、RS、ヒトメタニューモ、百日咳の検査をしましたが、どれも陰性。4月半ばに、喉頭ファイバーの予約をしてましたが、咳のため延期。今月やっとファイバー検査をできたんですが、怪しいけど、喉頭軟化症ではない！という診断をしてもらいました。
喉頭軟化症でないのなら、なぜ息をすると喉が凹むのでしょうか。咳はなにからきているんでしょう…。担当医とは直接話す事なく退院になってしまい、次の外来が2ヶ月後です。