ピロリ菌除去のお薬の副作用なのか教えてください

40代/女性 - 2021/03/24

2月中旬に胃カメラの検査をし、ピロリ菌がいる事がわかりました。その時は自覚症状はなく、仕事の関係できちんと薬が飲める状態ではなかったため、受診後すぐには薬の服用はしませんでした。
３月入ったあたりから胃に違和感を感じるようになり、仕事も落ち着いてきたので、昨日から薬の服用を始めました。下痢症状があるのと、胃の不快感と息苦しさがあります。
これは全て副作用と考えてよいでしょうか。
薬剤師の方に、よっぽどの事がない限り薬の服用は続けることと言われていました。
このまま飲み続けて良いでしょうか。