教えて下さい。

06,10に左そけい部、左骨盤内に低悪性度非ホジキンリンパ腫
BセルMALTリンパ腫と診断を受け即入院し、
化学療法R-CHOP6クールと言われ治療が始まりました
(1ヶ月は入院しその後は通院治療)
07,1末頃にカリニ肺炎になり5クールで治療はストップしてしまい肺炎の治療を優先してその頃から、バクタを朝晩1錠飲むようになりました、リンパ腫の方は同日頃にPET検査を受けた結果
所見無しとの事、07.10頃に可溶ILー2の数値も標準になり落ち着いていた矢先そけい部のリンパの腫れに気づきCTを撮った所
やはり再発との事、翌08,1,10〜前回と同じR-CHOPを残り5クール治療してその後に自家移植するか放射線治療するかと言う話です、今は初めての治療から9クール目の治療に来てます、
前回カリニ肺炎にもなってるので、予防としてバクタを毎日朝1錠飲んで今回の抗ガン剤治療を受けています、
質問なんですが、やはり心配なのがカリニ肺炎の発症率がどの位なのかと何に気を付けたらよいのか、また自家移植と放射線治療どちらがリスクを伴いどちらが有効か教えて下さい。
CHOP後4日目位から胸部と首がキリキリ、チクチク、関節痛の様な痛みが1週間〜10日間あるのですが

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