民間PCR検査 陽性判定について

person乳幼児/男性 -

帰省の為、家族で7/16に民間の唾液PCR検査を受けました。帰宅後、4歳の息子が発熱(37.3)したのと同時に、保育園で(息子のクラスを含む)コロナ感染者急増中とのメール連絡がありました。
翌日発熱が続いていたため(37.0~37.7)、休日当番医を受診して抗原検査(定性)を受け、結果は陰性。肘や膝に発疹もあったことから、手足口病じゃないかと言われて帰宅しました。
しかしその数時間後に、民間PCRの結果が陽性で届きました。
連休明けにかかりつけの小児科へ行き再検査してもらう予定です。
補足ですが、3月に夫以外の家族4人(私と子供3人)がコロナ感染し自宅療養しました。必要があり6月にも民間のPCRを受けた時は家族全員陰性と出ました。

そこで質問なのですが、民間PCRで陽性と出たものの医療機関の再検査で陰性となる可能性はあるのでしょうか?抗原検査時、鼻グリグリを嫌がって暴れたので上手く挿入出来なかったのでは、とも思っています。かかりつけは唾液で毎回やってもらっていました。
この状況で小学生の子供を明日学校に登校させて良いものか困っています。
相談窓口では、民間検査結果に強制力はないので小学校や習い事の判断で決めてくださいと言われました。
医師の方はどの様に判断されるでしょうか。4歳以外は現在無症状です。
宜しくお願いします。

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