抗生物質について…おできが膿み、切除後に処方されました

60代/女性 - 2023/08/26

60歳、おできが膿んで、8/19切除してもらいました（深さ2.5センチ）
まだ穴をふさがないようにされていますが、膿は出ていません。

抗生物質について質問があります。　

塗り薬は、抗生物質ゲンタシン軟膏をガーゼを交換した際に。
飲み薬は、抗生物質が３日分処方され、飲んでいる間下痢でした（セフカペンピボキシル塩酸塩錠）
次の診察が8/25で、別の抗生物質に変え４日分処方されました。（レボフロキサシン錠）昨夜、一度飲み、普通便でした。

抗生物質に対して不安があります。

病院・薬局で、下痢の原因は、菌を排出したからと言われました。
悪玉菌だけでなく、善玉菌も出してしまい、元の状態に戻るのに三ヶ月かかるとも。

抗生物質には、耐性菌の心配という記事を読んだことがあります。

塗り薬だけ塗って、飲み薬はやめたいと感じています。途中でやめるのは、いかがなのでしょうか？