回腸嚢炎の治療方法について

person60代/男性 -

潰瘍性大腸炎(平成18年頃)術後。の定期受診に県を2つまたいだ病院に半年おきに(それまでは状態が落ち着いていたため)受診しています。
が、今回は回腸嚢炎との検査結果でした。今回初めて新人の若い先生が診察担当でした。抗生剤使っても良いかもしれません。との事でニューキノロン系抗生剤が4週間分処方され、自己判断でやめてもらって大丈夫です、との事で次回はいつものようにまた6ヶ月後の予約となりました。
今まで歯科の医大などでは4日分処方してら耐性菌のリスクが出るから追加処方はできませんと言われたり、歯科以外の他の疾患でも抗生剤は数日間処方されて治るか、また受診して慎重に1週間追加するか否かを指示されて飲む、慎重に使う薬だと聞いていました。 
症状的には普段と変わらないのに自己判断で抗生剤をいつ止めるかの判断は自分では怖すぎて飲み始められません。回腸嚢炎に関しては頻回に受診できる近医を紹介してもらい抗生剤を止めるタイミングを指示された方が良いのでしょうか。
回腸嚢炎で炎症起きてる時に抗生剤を使い、治りかけの時に中途半端に抗生剤をやめてしまうとその薬が効かなくなるのだとすると怖いです。 
Jポーチを作った場所だけの炎症であれば昔、直腸があった頃に使っていたステロネマみたいな坐薬を使って炎症を抑えられるなら、わざわざ抗生剤を使うより安全ではないかと素人的には思うのですが、抗生剤を使うメリットの方が大きいのでしょうか。アドバイスをよろしくお願いします。

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