膀胱炎がすっきり治りません

30歳・女性です。以前に膀胱炎の件で質問した者です。
症状が1ヶ月以上続き、なかなか抗生物質が効かずクラビット→ガチフロ→フロモックス→クーペラシンの順に1週間ずつ飲みました。
4種類目のクーペラシンを飲んでいるときやっと不快感がとれ、投薬は終わりとなりました。
しかしその後生理が来たときに2日間くらい排尿後の痛みがありました。
その後は2週間ほど気になる症状はなかったのですが、またここ2〜3日排尿後に痛い感じがします。水分を大量に摂って、何回もおしっこをしていたら薄らいできましたが。
これは膀胱炎が慢性化してしまったのでしょうか。
あと気になることがありまして・・・
3種類目のフロモックスを1週間飲んで効果がなかったときに、かかりつけの泌尿器科で尿の菌の培養検査をしてもらいました。
その結果は陰性で、医師からは「変な菌はいなかった」と聞かされました。
結果報告書には「尿定量培養・・・0CFU/ml」とあります。
結局その後痛みはなくなったのでOKということになりましたが、検査用の尿を採取した時はまだハッキリと症状があったのに、菌がいなかっとは??と疑問が残ります。
これはどういうことなのでしょうか。

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