熱と頭痛が治まりませんが、再受診すべきでしょうか?

小学校4年生の息子が、昨日早朝5時頃から足(すねの横側)と頭が痛いと言い出し触って見ると体全体が熱く38.8度の熱があり、朝と夕方、近所の内科に行きましたが、インフルエンザの反応は出ませんでした。
又、夕方の受診時に39.7度まで熱が上がっていたこともあり、小児科を紹介してもらい受診したところ、喉もあまり腫れていないので菌が入ったんだろうということで、抗生物質と頓服(アトミフェン200mg)をもらい、すぐに飲ませましたが、熱は39.6〜39.8度から下がらず、さらに頭が痛いようでぐったりしていました。(血液検査はしましたが、結果が分かるまで3日ほどかかるらしいです)
深夜になり、もう一度頓服を飲ませると、39度程度まで下がりましたが、頭痛は治まらないようでした。
朝になると、熱も37.5度まで下がったので、様子を見ていたのですが、相変わらず頭が痛いようで、頭をおさえた続けたまま、現在熱は38.5度まで上がってきました。
頭痛の原因が発熱によるものだけならいいのですが、他の(緊急性の高い)要因ではないかと心配でなりません。
このまま様子を見た方がいいのか、再受診(小児科/脳神経外科)したほうがいいのか悩んでいます。
又、深夜でも救急外来に行った方がいいという所見があれば、教えていただけないでしょうか?

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