血便、下痢について

3歳9ヶ月の男の子です。
生後11ヶ月のときに、細菌性腸炎で近くの市民病院に1週間入院し、ホスミシン投与で血便が治まり、退院しました。
その後、また1週間後に大量の血便を認め、大学病院に2週間入院しました。その際、異所性胃粘膜シンチグラム検査をしたのですが、異常なしでした。
それから7ヶ月くらいの頻度で血便を繰り返すのですが、異常なしと診断されます。(前回の入院の時は内視鏡検査をしたのですが
、直腸の腸壁にただれがあり、そこから出血しているのではないかとのことでした。腸壁の細胞検査と糞便の菌培養の検査もしてくださったのですが、どちらも異常なしでした。)
最初に血便が出てから、冷たい飲み物は飲ませないように、お茶やイオン飲料にもお湯を足して、さらに市販の整腸剤(ビオフェルミン)を溶かし入れて飲ませています。
風邪をひいたときも、抗生剤(フロモックス、サワシリン等)を服用すると下痢をするので、また血便がでるのではないかと思い、飲ませるのに躊躇してしまいます。
最近では、市販の咳止め等を飲んでも下痢をするようになり、困っています。
実は木曜、金曜と市販の咳止めを飲ませたところ、土曜になって
粘液便と水様便をしました。
今年から保育園に通うようになり、体調を崩すことも多いのですが、薬をしっかり飲めず、その為治りも遅いです。
(1月にインフルエンザに罹り、タミフルを2回飲ませたら下痢をしてしまい、完治までに1ヶ月ほどかかりました。)
ひどい血便が出て、検査をしても原因不明ということはあるのでしょうか?
また、最初に大学病院に入院した際に先生が、「治ったと思っても、菌が内臓の裏に隠れていて、時々悪さをすることがある。」
とおっしゃったのですが、それはどういうことなのでしょうか?
これからどう対応していけばよいのか、どうか教えてください。
よろしくお願いします。

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